納米孔基因測序讀長長，更容易覆蓋復雜區域和結構變異區域，且獲得的長片段之間可以有更多的交叉重疊區域，更有利于組裝獲取正確的堿基順序，得到短片段測序難以組裝的重復序列等的準確序列，便于組裝獲得更完整的微生物基因組或完整的質粒，對其中的耐藥、毒力等相關功能元件進行精細化的構成分析。

• 案例一

• 案例二

• 案例三

利用長片段測序技術分析微生物基因組，可同時鑒定單核苷酸多態性位點（SNP，Single Nucleotide Polymorphism）、插入缺失位點（InDel，Insertion/Deletion）以及結構變異等信息，全面綜合的獲得微生物基因組突變信息，更有利于開展物種進化、種群特征、選擇壓力、水平基因轉移等研究。

利用擴增子測序研究環境微生物多樣性時，長片段測序可覆蓋全長的保守區及可變區的序列（例如16S rRNA、18S rRNA、ITS等），更有利于微生物物種的精確識別及種水平的分類鑒定，從而更準確地研究物種組成與環境之間的關系。